- /Licence
- /LICENSE

- /example data/.gitkeep
- /example data/SMP_peptides_q1_fractiona1.tsv
- /example data/fractiona1_proteins.tsv
- /example data/metadata.csv
- /example data/protein_sequence.csv
- /output example/.gitkeep
- /output example/Cluster_CATDES.png
- /output example/Figure_mean_clusters.png
- /output example/Figure_mean_clusters_together.png
- /output example/Figure_median_clusters.png
- /output example/Figure_median_clusters_together.png
- /output example/Heatmap_protein.png
- /output example/Heatmap_protein_vertical_clustering.png
- /output example/Heatmap_scaled.png
- /output example/PCA_axes_1-2.png
- /output example/Protein_mapping_a1_BCN.png
- /output example/Protein_mapping_a2_AS1CN.png
- /output example/Venn_SMP_comp.png
- /output example/Venn_SMP_gastric.png
- /output example/Venn_SMP_intestinal.png
- /output example/boxplot_mw.png
- /output example/cat_des_category.csv
- /output example/cat_des_quanti.csv
- /output example/catdes_quali_cluster1.csv
- /output example/catdes_quali_cluster2.csv
- /output example/catdes_quali_cluster3.csv
- /output example/catdes_quali_cluster4.csv
- /output example/catdes_quali_cluster5.csv
- /output example/catdes_quali_cluster6.csv
- /output example/catdes_quali_cluster7.csv
- /output example/catdes_quali_cluster8.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster1.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster2.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster3.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster4.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster5.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster6.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster7.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster8.csv
- /output example/cluster_protein.csv
- /output example/clusters_and_peptide_infos.csv
- /output example/empty_metadata.csv
- /output example/export_cluster.csv
- /output example/peptide_per_prot_per_sample.csv
- /output example/peptidomics_data.csv
- /output example/peptidomics_data_with_sumed_replicates.csv
- /output example/pie_chart_g.png
- /output example/pie_chart_i.png
- /example_data/metadata.csv
- /example_data/protein_sequence.csv
- /example_data/fractiona1_proteins.tsv
- /example_data/SMP_peptides_q1_fractiona1.tsv

- /ouput_example/empty_metadata.csv
- /ouput_example/PCA_axes_1-2.png
- /ouput_example/Venn_SMP_comp.png
- /ouput_example/Venn_SMP_gastric.png
- /ouput_example/Venn_SMP_intestinal.png
- /ouput_example/boxplot_mw.png
- /ouput_example/Heatmap_scaled.png
- /ouput_example/Figure_mean_clusters.png
- /ouput_example/Figure_mean_clusters_together.png
- /ouput_example/Figure_median_clusters.png
- /ouput_example/Figure_median_clusters_together.png
- /ouput_example/Cluster_CATDES.png
- /ouput_example/catdes_quali_cluster1.csv
- /ouput_example/catdes_quali_cluster2.csv
- /ouput_example/catdes_quali_cluster3.csv
- /ouput_example/clusters_and_peptide_infos.csv
- /ouput_example/peptidomics_data_with_sumed_replicates.csv
- /ouput_example/peptide_per_prot_per_sample.csv
- /ouput_example/export_cluster.csv
- /ouput_example/peptidomics_data.csv
- /ouput_example/catdes_quali_cluster4.csv
- /ouput_example/catdes_quali_cluster5.csv
- /ouput_example/catdes_quali_cluster6.csv
- /ouput_example/catdes_quali_cluster7.csv
- /ouput_example/catdes_quali_cluster8.csv
- /ouput_example/cat_des_category.csv
- /ouput_example/catdes_quanti_cluster1.csv
- /ouput_example/catdes_quanti_cluster2.csv
- /ouput_example/catdes_quanti_cluster3.csv
- /ouput_example/catdes_quanti_cluster4.csv
- /ouput_example/catdes_quanti_cluster5.csv
- /ouput_example/catdes_quanti_cluster6.csv
- /ouput_example/catdes_quanti_cluster7.csv
- /ouput_example/catdes_quanti_cluster8.csv
- /ouput_example/cat_des_quanti.csv
- /ouput_example/pie_chart_g.png
- /ouput_example/cluster_protein.csv
- /ouput_example/pie_chart_i.png
- /ouput_example/Heatmap_protein_vertical_clustering.png
- /ouput_example/Heatmap_protein.png
- /ouput_example/Protein_mapping_a1_BCN.png
- /ouput_example/Protein_mapping_a2_AS1CN.png

- /output example/empty_metadata.csv
- /output example/PCA_axes_1-2.png
- /output example/Venn_SMP_comp.png
- /output example/Venn_SMP_gastric.png
- /output example/Venn_SMP_intestinal.png
- /output example/boxplot_mw.png
- /output example/Heatmap_scaled.png
- /output example/Figure_mean_clusters.png
- /output example/Figure_mean_clusters_together.png
- /output example/Figure_median_clusters.png
- /output example/Figure_median_clusters_together.png
- /output example/Cluster_CATDES.png
- /output example/catdes_quali_cluster1.csv
- /output example/catdes_quali_cluster2.csv
- /output example/catdes_quali_cluster3.csv
- /output example/clusters_and_peptide_infos.csv
- /output example/peptidomics_data_with_sumed_replicates.csv
- /output example/peptide_per_prot_per_sample.csv
- /output example/export_cluster.csv
- /output example/peptidomics_data.csv
- /output example/catdes_quali_cluster4.csv
- /output example/catdes_quali_cluster5.csv
- /output example/catdes_quali_cluster6.csv
- /output example/catdes_quali_cluster7.csv
- /output example/catdes_quali_cluster8.csv
- /output example/cat_des_category.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster1.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster2.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster3.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster4.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster5.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster6.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster7.csv
- /output example/catdes_quanti_cluster8.csv
- /output example/cat_des_quanti.csv
- /output example/pie_chart_g.png
- /output example/pie_chart_i.png
- /output example/cluster_protein.csv
- /output example/Heatmap_protein_vertical_clustering.png
- /output example/Heatmap_protein.png
- /output example/Protein_mapping_a1_BCN.png
- /output example/Protein_mapping_a2_AS1CN.png

- /example data/metadata.csv
- /example data/protein_sequence.csv
- /example data/fractiona1_proteins.tsv
- /example data/SMP_peptides_q1_fractiona1.tsv