Ask to Jean what I need to do with branch update_binning_image
We will update both images in t=next release so we need to understand what we need to do with branch update_binning_image.
Designs
- #242Add MetaMDBG
Activity
changed milestone to %Add MetaMDBG
added Haute priorité label
Hello, Oui ça serait idéal d'utiliser la dernière version de Binette.
et idéalement ça serait bien d'utiliser la nouvelle fonctionnalité de Binette qui est de pouvoir donner un fasta des genes prédits au préalable pour pouvoir skipper cette étape dans Binette. Car actuellement les genes sont prédit deux fois une fois dans le pipeline et une fois dans binette.
Par contre cette étape ne va pas être trivial car les gènes sont renommé dans metagWGS et donc le mapping gene contig qui fait dans Binette ne fonctionnera pas. Binette s'attend à avoir _ et dans metagWGS c'est different tu peux voir cette issue où cette option est discutée : https://github.com/genotoul-bioinfo/Binette/issues/30 et cette PR https://github.com/genotoul-bioinfo/Binette/pull/31
[
](https://github.com/genotoul-bioinfo/Binette/issues/30 "(Question/feature request) - is there support for precomputed genes? If not, can this be added? · Issue #30 (closed) · genotoul-bioinfo/Binette")
GitHub (Question/feature request) - is there support for precomputed genes? If not, can this be added? · Issue #30 (closed) · genotoul-bioinfo/Binette I’m working on reimplementing my https://github.com/jolespin/veba metagenomics software suite and was looking into lightweight alternatives to das tool. I already precompute the genes with pyrodiga...
(Question/feature request) - is there support for precomputed genes? If not, can this be added? · Issue #30 (closed) · genotoul-bioinfo/Binette Avoir comment c'est possible de s'en sortir dans metagWGS. soit on renomme le fichier de protein pour que ça colle à ce qu'attend Binette. ou on peut aussi faire evoluer binette pour qu'il puisse gérer le metagWGS.
marked this issue as related to #242
